Pour un bypass gastrique, l'estomac est séparé en deux à quelques centimètres en dessous de son orifice supérieur. Il reste un bout d'estomac miniaturisé artificiellement, la "poche gastrique", qui contient environ 15 ml et sert de frein pour la nourriture ingérée. On coupe aussi l'intestin grêle. L'une des extrémités de l'intestin est raccordée à la petite partie de foie restante (anastomosée) et l'autre extrémité est déviée de sorte que les denrées alimentaires et sucs digestifs ne se mélangent que dans la partie médiane de l'intestin grêle. C'est donc seulement à cet endroit-là que commence la digestion. Il en résulte que seule une partie des composants alimentaires est assimilée ( «résorbée»). Le bypass gastrique a donc deux effets: d'une part, une restriction en limitant la quantité de nourriture et d'autre part une malabsorption en diminuant l'absorption des nutriments de l'intestin.
L'hospitalisation dure 3 à 5 jours.
